蛋白質組(proteome)一詞它來源于protein和genome兩個單詞，它是指一個細胞、組織或生物個體基因組所表達的全部蛋白質的總和。對應于研究基因組(genome)的基因組學(genomics)，蛋白質組學(proteomics)則是研究蛋白質組(proteome)的科學。
 

　　蛋白質組學是指系統研究某一基因組所表達的所有蛋白質，包括組成蛋白質一級結構的氨基酸序列，蛋白質的豐度，蛋白質的修飾以及蛋白質之間的相互作用。
 

　　蛋白質組學通常被認為是在基因組學和轉錄組學之后，生物系統研究的下一步。然而，蛋白質組的研究遠比基因組學復雜，這是由于蛋白質內在的復雜特點，如蛋白質各種各樣的翻譯后修飾所決定的。
 

　　現階段市面上流行的應用較廣的蛋白質組學解決方案共有4中：TMT、iTRAQ、DIA和Label-free，這幾種研究策略具有不同特點。
 

　　TMT/iTRAQ:
 

　　1、分離能力強：可分離出酸/堿性蛋白，小于10KD或大于200KD的蛋白、難溶性蛋白等；
 

　　2、適用范圍廣：可以對任何類型的蛋白質進行鑒定，包括膜蛋白、核蛋白和胞外蛋白等；
 

　　3、高通量：可同時對多個樣本進行分析，特別適用于采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析；
 

　　4、結果可靠：定性與定量同步進行，同時給出每一個組分的相對表達水平、分子量和豐富的結構信息；
 

　　5、自動化程度高：液質聯用，自動化操作，分析速度快，分離效果好。
 

　　Label_free:
 

　　1、無需標記，操作簡單；
 

　　2、不受比較樣品數限制，可進行大批量的樣本檢測；
 

　　3、對實驗操作穩定性、重復性要求高；
 

　　4、準確性較標記定量略低；
 

　　5、前處理少，更多保留樣本最原始信息；
 

　　6、對于低豐度多肽的覆蓋程度更高；
 

　　DIA:
 

　　1、重復性好：DIA數據完整性為98%，DDA數據完整性為49%；
 

　　2、鑒定敏感度高，能鑒定更多低豐度蛋白；
 

　　3、定量準確性高，定量準確度與MRM技術相當，CV值可達10%左右；
 

　　4、通量高，無需同位素標記；
 

　　5、數字化蛋白信息，可回溯；
 

　　6、樣本量大：DIA技術可以在一次實驗中同時對幾十、上百例樣本進行差異表達蛋白質進行分析。