高通量測序技術(shù)也被稱作二代測序技術(shù)，這是相對一代測序技術(shù)而言的，同時由于它的出現(xiàn)使得我們能對一個物種的基因組和轉(zhuǎn)錄組進行全面、細致的分析成為可能，所以又被稱為深度測序。
 

　　高通量測序技術(shù)的一般過程是將DNA(或cDNA)隨機片段化，加上接頭序列，制備用于上機測序的文庫，通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應(yīng)，檢測對應(yīng)的信號獲取序列信息，通過數(shù)據(jù)分析來挖掘序列中的科學問題。
 

　　該技術(shù)以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志，通過讀取多個短DNA片段，拼接成完整的序列信息。與一代測序Sanger法相比，高通量測序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時具有顯著的優(yōu)勢，在測序速度及測序通量上具有無可取代的地位，是目前組學研究中的核心技術(shù)。
 

　　高通量測序技術(shù)已經(jīng)開始覆蓋越來越多的科研領(lǐng)域，隨著第二代測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，科學界也開始越來越多地應(yīng)用第二代測序技術(shù)來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行從頭測序，獲得該物種的參考序列，為后續(xù)研究和分子育種奠定基礎(chǔ);對有參考序列的物種，進行全基因組重測序，在全基因組水平上掃描并檢測突變位點，發(fā)現(xiàn)個體差異的分子基礎(chǔ)。在轉(zhuǎn)錄組水平上進行全轉(zhuǎn)錄組測序，從而開展可變剪接、編碼序列單核苷酸多態(tài)性等研究;或者進行小分子RNA測序，通過分離特定大小的RNA分子進行測序，從而發(fā)現(xiàn)新的microRNA分子。在轉(zhuǎn)錄組水平上，與染色質(zhì)免疫共沉淀和甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)相結(jié)合，從而檢測出與特定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA區(qū)域和基因組上的甲基化位點。